Završetkom Domovinskog rata život u Vukovaru se krenuo vraćati u normalu, a time posljedično i sport. Nogometni klub Vukovar ’91 osnovan je 1991. godine od strane vukovarskih izbjeglica u Zagrebu, a godinu dana kasnije spojio se s drugim vukovarskim klubom, Slogom, te se smatra njegovim pravnim nasljednikom. Nakon što je klub zamrznuo sve aktivnosti od 1995. do 1998. godine, omogućeno mu je igranje u 2. HNL u sezoni 1998./1999., koja je u žestokoj borbi s Istrom i Segestom osvojena te su zajedno s pulskim klubom postali novi prvoligaši u narednoj sezoni.
Vukovarski prvoligaški debi donijelo je pravi spektakl na stadion u Borovu naselju, gdje je 2.000 gledatelja vidjelo pobjedu Zagreba rezultatom 4:3, a strijelac prvog povijesnog vukovarskog pogotka u 1. HNL je Marin Marjanović, koji je u 8. minuti susreta zatresao mrežu Rumunja na vratima Zagreba, Sorina Colceaga.
Već sljedeće kolo donijelo je i prvu pobjedu, kada je u Koprivnici s 2:1 pao Slaven Belupo, na što je potom vezana domaća pobjeda nad Osijekom te remi s Hrvatskim Dragovoljcem. Nakon uzastopnih 0:2 i 0:5 poraza od Hajduka i Croatije, momčad se nije nikako mogla vratiti na pobjednički kolosijek. Niz od deset susreta bez troboda prekinut je domaćom pobjedom nad Hrvatskim Dragovoljcem 1:0 krajem studenog, a na zimski odmor otišlo se porazom 2:0 na Poljudu i tek 14 bodova na kontu.
Na zimskoj je pauzi Uprava kluba radila punom parom ne bi li namaknula financijska sredstva i dovela potrebna pojačanja u borbi za ostanak, između ostalih i legendarnog HNL napadača Miroslava Bojka. Proljetni dio sezone nije mogao bolje započeti za Vukovarce – domaćim remijem protiv Croatije. Igralo se potom u ritmu toplo-hladno, a prikupljanje bodova nije išlo željenim tokom. U posljednja četiri kola prvenstva koje se igralo trokružno, Vukovar ’91 je ušao s posljednjeg mjesta, a unutar četiri boda smjestili su se još i Hrvatski Dragovoljac, Istra te Šibenik. Vukovarci su do konca natjecanja skupili još četiri boda, nedovoljno za ostanak te su zajedno s Istrom ispali iz lige.
Ipak, ostaju nam lijepa sjećanja kada se na krajnjem istoku Hrvatske igrao dobar nogomet kojeg rezultati nisu pratili, a Vladimir Balić, Bojko, Ivica Jozinović, Ivo Milić, Marijan Vuka, Amarildo Zela i ostatak družine ostati će u trajnom sjećanju vukovarskih ljubitelja nogometa, ali i većini ljudi u Hrvatskoj koji su te sezone itekako simpatizirali vukovarske nogometaše. Zela je s 10 pogodaka bio najbolji strijelac Vukovara ’91 u toj sezoni i time zaradio transfer u Izrael.
Dvije sezone potom, Vukovarci su osvajanjem Druge Lige Sjever dobili priliku ponovno se kvalificirati u 1. HNL, ali u dodatnim su kvalifikacijama poraženi od Šibenika. U sezoni 2007./2008. klub je ispao iz 2. HNL, da bi se ekspresno vratilo pa ponovno ispao 2011. godine.
Nakon toga, u veljači 2012. godine, se klub uslijed velikih financijskih poteškoća ugasio, no u ljeto iste godine osnovan je novi klub Vukovar 1991, klub s novom upravom i ambicioznim investitorima te sadašnji član drugog po rangu hrvatskog ligaškog natjecanja koji je sezonu 2022./2023. završio na odličnom drugom mjestu sa samo bodom zaostatka iza prvaka Rudeša.
Snovi o novom nastupu u najjačem rangu možda uskoro postanu realnost…
